En consecuencia, el control de la infección por L. intracellularis sigue siendo un desafío y muy a menudo requiere la prescripción de antimicrobianos para su uso preventivo, justificado por la aparición histórica de la enfermedad en poblaciones específicas.
La prevención siempre es mejor que el tratamiento para un mejor control de cualquier enfermedad. Los protocolos de erradicación de L. intracellularis han sido probados en el pasado y algunos lograron erradicarla con éxito en algunas granjas que, durante un periodo de hasta dos años, observaron una mejora sustancial de las tasas de crecimiento; sin embargo, todas las poblaciones sufrieron una reinfección.

Las vacunas pueden ser alternativas interesantes para superar el aumento esperable en los próximos años en la incidencia de la ileítis debido a las restricciones en el uso de los antimicrobianos.